Faculty Members:

Pedro Geraldo Pascutti | E-mail

firefox Pedro G. Pascutti received a PhD (1996) in physics from the University of São Paulo. He is a full-time Professor affiliated with the Carlos Chagas Filho Biophysics Institute at Federal University of Rio de Janeiro. His professional interests are both theoretical and experimental biophysics, especially in molecular and structural biology.

He is the LMDM's principal investigator, and, at the brazillian funding agency CAPES (Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel), he is current the mananger of the interdisciplinary field and also member of the Scientific and Technical Committee. Curriculum Lattes

Postdoctoral Associates:

Carla Maria de Souza Menezes E-mail

firefox Possui graduação em Química (Universidade Federal de São Carlos, 1986), doutorado em Fármaco e Medicamentos (Universidade de São Paulo, 1997) e estágios de pós-doutorado na área de Química Farmacêutica Medicinal. Atualmente, realiza estágio de pós-doutorado sênior no Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular (LMDM) do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Atua principalmente nos seguintes temas: química medicinal, química farmacêutica medicinal, planejamento de fármacos, planejamento de fármacos auxiliado por computador, modelagem molecular.

PhD Thesis title: Estudo da Influência das Propriedades Físico-químicas na Reversão da Resistência do Plasmodium falciparum à Cloroquina. (1997) Área: Doutorado em Fármacos e Medicamentos - Universidade de São Paulo, USP, Brasil.

List of main publications:

1. Menezes, C. M. S. ; Rivera, G. ; Alves, M. A. ; AmaraL, D. N. ; Thibaut, Jean Pierre Barros; NoeL, F. ; Barreiro, E. J. ; Lima, L. M. Synthesis, biological evaluation, and structure-activity relationship of clonazepam, meclonazepam, and 1,4-benzodiazepine compounds with schistosomicidal activity. Chemical Biology & Drug Design (Print), v. 79, p. 943-949, 2012.

2. Otelo, V. A. ; Santana, A. C. ; Faria, D. L. A. ; Menezes, Carla M.S. . Molecular modeling and UV vis spectroscopic studies on the mechanism of action of reversed chloroquine (RCQ). Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters (Print), v. 21, p. 250-254, 2011.

3. M.S. Menezes, Carla; M. Avila, C. M.; J. Barreiro, Eliezer. A theoretical investigation on the pleiotropic effects of statins as p38 MAP kinase ligands. Letters in Drug Design & Discovery, v. 7, p. 546-550, 2010.

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Lucas Villas Boas Hoelz | E-mail

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PhD Thesis title: Estudo teórico da ativação do Beta1-adrenoceptor humano mediada pelo agonista R-noradrenalina (2011)

List of main publications:

1.

Lucas's Curriculum Lattes

Pedro Alexandre de Araújo Gomes Lapido Loureiro

firefox Pedro A. Lapido Loureiro, MD, received a PhD degree in biophysics from the Federal University of Rio de Janeiro, in 2007 with a study of model lipid membranes by molecular dynamics simulations. By using this methodology, it was shown, for instance, that one can get a better understanding of the interaction of viral peptides with lipid membranes at a molecular level using computer models. His current interests are the study of elastic properties of model membranes and the simulation of bacterial porins.

PhD Thesis title: Utilização de métodos computacionais no estudo de membranas lipídicas (2007)

List of main publications:

1.

Pedro's Curriculum Lattes

Pedro Henrique Monteiro Torres | E-mail

firefox Graduated in Biological Sciences: Microbiology and Immunology (2005-2008), has a Master degree in Biophysics (2009) and a PhD in Biophysics (2014) at the Federal University of Rio de Janeiro. Has experience in Microbiology, Biochemistry and Biophysics, acting on the following topics: macromolecular biochemistry, cancer, angiogenesis, and molecular dynamics. Was professor of Biochemistry at the Rio de Janeiro State University. He currently develops research projects under a post-doctoral fellowship provided by CAPES.

Thesis Advisors: Pedro G. Pascutti

Education:

Ph.D. Ciências Biológicas (Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2014)

M.Sc. Ciências Biológicas (Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2010)

B.Sc. Ciências Biológicas (Microbiologia e Imunologia) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2008)

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Graduate Students:

Raquel Gama | E-mail

firefox "Possui graduação em Farmácia Industrial pela Universidade Federal Fluminense (UFF - 2010) e atualmente é bolsista do curso de Pós-Graduação em Biotecnologia no Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Metrologia (INMETRO) em parceria com o Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular (LMDM) do Instituto de Biofísica Carlos Chaga Filho. Foi Bolsista de Iniciação Científica da Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ - 2009/2008), com participação no Projeto de Pesquisa sobre Síntese de ligantes fosfônicos. Cumpriu Estágio Extra-Curricular na Empresa Assistência e Serviços Farmacêuticos Ltda (AVFARMA - 2010) e tem experiência como Farmacêutica em manipulação de medicamentos injetáveis estéreis oncológicos e imunoterápicos, análise e aprazamento de prescrição e Garantia da Qualidade na Empresa Assistência e Serviços Farmacêuticos Ltda (AVFARMA 2011/fevereiro 2013)."

B.Sc. Farmácia Industrial - Universidade Federal Fluminenses (2010)

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Laura Machado de Faria | E-mail

firefox Skills mainly in plant genetics, modeling and molecular dynamics, focusing on development of plant breeding protocols and strategies. Currently working on her PhD in genetics and computer simulation techniques for modeling and molecular dynamics with implications in biotechnology. The project aims in silico and in vivo studies to investigate a proton pump required for vacuolar acidification. The P3A-Type H+-ATPase complex involved is known to be required to display color of plant tissues. It has a colaboration of the Vrije Universiteit Amsterdam (Dr. Francesca M. Quattrocchio).

Thesis Advisors: Pedro G. Pascutti

Education:

M.Sc. Agricultura Tropical e Sub-tropical com ênfase em Genética, Melhoramento Vegetal e Biotecnologia - Instituto Agronômico de Campinas (2007)

B.Sc. Ciências Biológicas - Universidade Federal de Goiás (2003)

Laura's Curriculum Lattes

Current Adress: Vrije Universiteit Amsterdam Faculty of Earth and Life Sciences (FALW) Department of Genetics, room P-544 De Boelelaan 1085 1081 HV Amsterdam The Netherlands

List of main publications:

1.

Priscila da Silva Figueiredo Celestino | E-mail

firefox Has experience in the area of Biophysics , with emphasis on Molecular Biophysics and focused, mainly, in the following subjects: Malaria, acting on the drug design for the cysteine proteases of P. falciparum Falcipains; inhibition studies of Kinases proteins, specifically the Colony-stimulation factor 1 receptor (cFMS).

Thesis Advisors: Luba Tchertanov & Pedro G. Pascutti

Education:

M.Sc. Ciências Biológicas (Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2011)

B.Sc. Biomedicina - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (2008)

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Reinaldo Souza de Oliveira Junior | E-mail

firefox Tem experiência na área de Biofísica Molecular, com ênfase em Biologia Computacional, atuando principalmente nos temas Dinâmica Molecular (DM) em Altas Pressões Hidrostáticas e Cálculos de Energia Livre. É especializado em técnicas moleculares de Biologia Molecular (PCR, Tecnologia do DNA Recombinante). Seu principal foco está na aplicação e no desenvolvimento de metodologias para o estudo do desenovelamento protéico (protein unfolding) via simulação (por DM) de sistemas em alta pressão, em solvente explícito, utilizando os campos de forças do pacote GROMACS. A aplicação de técnicas de amostragem (Metadynamics, Bennett's Acepptance Ratio - BAR, Umbrella Sampling e etc...) para o Calculo de Energia de Livre de proteínas Amilóides. Também tem interesse no efeito bioprotetor de determinados carboidratos, em particular do dissacarídeo trealose, como também na ação de outros osmólitos no enovelamento e desenovelamento protéico.

Thesis Advisors: Pedro G. Pascutti

Education:

M.Sc. Ciências Biológicas (Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2009)

B.Sc. Ciências Biológicas (Genética) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2006)

Reinaldo's Curriculum Lattes

Rosemberg de Oliveira Soares | E-mail

firefox Rosemberg de O. Soares is graduate in Mathematics by Universidade do Estado do Rio de Janeiro (2004) and Master in Computational Modeling with Emphasis in Bioinformatics and Computational Biology by Laboratório Nacional de Computação Científica (2008). Currently is Ph.D. student at the Universidade Federal do Rio de Janeiro. Has experience in Byophysics with an emphasis in Biological Sciences and have been worked mainly with Modeling and Molecular Dynamics of the HIV protease.

Thesis Advisors: Pedro G. Pascutti

Education:

M.Sc. Modelagem Computacional - Laboratório Nacional de Computação Científica (2008)

B.Sc. Mathematics - Universidade do Estado do Rio de Janeiro (2004)

Rosemberg's Curriculum Lattes

Tácio Vinicio Amorim Fernandes | E-mail

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Thesis Advisors: Pedro G. Pascutti

Education:

M.Sc. Ciências Biológicas (Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2009)

B.Sc. Ciências Biológicas (Biomedicina) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2007)

Tácio's Curriculum Lattes

Undergraduate Students:

Cristóvão Freitas Iglesias Junior | E-mail

firefox Undergraduate student of Bioinformatics on the Federal University of Rio de Janeiro. Experience in the field of bioinformatics and computational biology. Knowledge of database and programming languages such as Python, C + +, Java, Javascript and Pearl. Performed works in the area of Molecular Modeling, Molecular Dynamics and Development of software and web-softwares. Currently perform scientific initiation in development of softwares to bioinformatics and computational biology.

Cristóvão's Curriculum Lattes

Former & Satellite Members:

Diego Enry Barreto Gomes | E-mail

firefox Diego E. B. Gomes received a PhD (2010) in biophysics from the Federal University of Rio de Janeiro. Possui graduação em Ciências Biológicas Modalidade Médica pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2004), mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2006) e doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2010) com doutorado sanduíche no Pacific Northwest National Laboratory - EUA (2006, 2008-2009). Pós Doutorado na Universitée Paris XI e École Normale Supérieure de Cachan (2010-2011) Atualmente é Pesquisador no INMETRO e Professor Substituto da Universidade Federal do Rio de Janeiro ministrando as disciplinas de Bioinformática, Biologia Estrutural e Desenho de Drogas e Interação Receptor-Ligante. Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Modelagem e Dinâmica Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: molecular dynamics, molecular modeling, docking, normal modes. .

PhD Thesis title: Modelos moeleculares para o confinamento da enzima organofósforo hidrolase em nanoestruturas (2010)

List of main publications:

1.

Diego's Curriculum Lattes

Fernanda Guedes Oliveira | E-mail

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PhD Thesis title: Estudo Teórico de Reações de Substituição (2012)

List of main publications:

1.

Fernanda's Curriculum Lattes

Marcelo Cardoso dos Reis Melo | E-mail

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Thesis Advisors: Pedro G. Pascutti

Education:

B.Sc. Ciências Biológicas (Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro (2011)

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Giselly da Silva Dias | E-mail

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Thesis Advisors: Debora Foguel & Pedro G. Pascutti

Education:

B.Sc. Ciências Biológicas - Universidade do Grande Rio (2009)

Giselly's Curriculum Lattes

Arlan da Silva Gonçalves | E-mail

firefox Arlan conclude his PhD in Biophysics in 2009, by the Federal University of Rio de Janeiro, Brazil. During the PhD studies, he worked mainly in the elucidation of the reactivation routes of acetylcholinesterase inhibited by organophosphorous compounds. This study is of crucial importance to the development of efficient antidotes against poisoning by chemical warfare agents.

PhD Thesis title: Estudo da reativação da acetilcolinesterase humana inibida pelo organosfosforado Tabun através de métodos híbridos quanto-mecânicos (2009)

Current Adress: Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espírito Santo Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Espírito Santo, Campus Vila Velha, Av. Ministro Salgado Filho, No. 1000, Bairro: Soteco, Vila Velha, Espírito Santo.

List of main publications:

1. Gonçalves, A. S.; FRANÇA, Tanos Celmar Costa ; CAETANO, MELISSA SOARES ; RAMALHO, TEODORICO CASTRO . Reactivation steps by 2-PAM of tabun-inhibited human acetylcholinesterase: reducing the computational cost in hybrid QM/MM methods. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, v. 00, p. 1-7, 2013.

2. Gonçalves, A. S.; FRANÇA, Tanos Celmar Costa ; VILLAR, Jose Daniel Figueroa ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Molecular Dynamics Simulations and QM/MM Studies of the Reactivation by 2-PAM of Tabun inhibited Human Acethylcolinestarase. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso), v. 22, p. 155-165, 2011.

3. Gonçalves, A. S.; FRANÇA, Tanos Celmar Costa ; VILLAR, José Daniel Figueroa ; PASCUTTI, Pedro Geraldo . Conformational Analysis of Toxogonine, TMB-4 and HI-6 using PM6 and RM1 Methods. Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso), v. 21, p. 179-184, 2010.

Arlan's Curriculum Lattes

Gabriel Limaverde Soares Costa Sousa | E-mail

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PhD Thesis title: Estudo Estrutural das Proteínas Antiangiogênicas Endostatina e Anastelina e Potenciais Implicações na Terapia contra o Câncer (2009)

Current Adress: Instituto Nacional do Câncer

List of main publications:

1.

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Paulo Ricardo Batista | E-mail

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PhD Thesis title: Estudo da flexibilidade da Protease do HIV-1 por Modelagem e Dinâmica Molecular, Análise de modos normais e dos modos consensus (2009)

Current Adress: Institut de Pasteur - France

List of main publications:

1.

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Rafael de Cássio Bernardi | E-mail

firefox During the PhD work, Rafael worked mainly with molecular dynamics studies of anesthetics and their effect in both biological membranes and the TREK-1 potassium channel. This work awarded him the Best Thesis Award in Biophysics and Biotechnology in 2010 by the Secretariat of Strategic Affair of the Brazilian Presidency. He is also co-worker in several studies simulating biological membranes, and he has been responsible for the first QM/MM dynamics of lipid membranes in which some lipids were studied in the DFT level. For the last couple of years, he had been working with molecular modeling of cellulose, cellulases and cellulosomes, first at INMETRO (Brazil), in a group that aims to develop a new second-generation biofuel, and more recently, at Theoretical and Computational Biophysics Group at University of Illinois.

PhD Thesis title: Anestésicos e a Regulação de Canais Iônicos K2P (2010)

Universidade Federal do Rio de Janeiro. Advisors: Pedro Geraldo Pascutti e Werner Treptow.

Current Adress: Theoretical and Computational Biophysics Group Beckman Institute for Advanced Science and Technology University of Illinois at Urbana-Champaign +1 (217) 244-0177

List of main publications:

1. Hybrid QM/MM Molecular Dynamics Study of Benzocaine in a Membrane Environment: How Does a Quantum Mechanical Treatment of Both Anesthetic and Lipids Affect Their Interaction; RC Bernardi, PG Pascutti; Journal of Chemical Theory and Computation, 2012

2. GSAFold: A new application of GSA to protein structure prediction; MCR Melo, RC Bernardi, TVA Fernandes, PG Pascutti; Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2012

3. The Structural Dynamics of the Flavivirus Fusion Peptide-Membrane Interaction; YS Mendes, NS Alves, TLF Souza, IP Sousa, ML Bianconi, RC Bernardi, PG Pascutti, et. al.; PloS one,2012

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Samuel Silva da Rocha Pita | samuel.pita@ufba.br

firefox Samuel Pita graduated in Pharmacy from University of Alfenas (2002), MSc in Chemistry from the Federal University of Rio de Janeiro (2006), Fellow Industrial Technology Development, Federal University of Rio de Janeiro (2006-2007) and a Ph.D. in Biological Sciences (Biophysics ) and post-doctorate at the Institute of Biophysics Carlos Chagas Filho at Universidade Federal do Rio de Janeiro (2011). Currently, he is Professor of Pharmaceutical Chemistry, Faculty of Pharmacy at the Federal University of Bahia. He has experience in Pharmacy, with emphasis on Medicinal Chemistry, mainly in the following topics: QSAR, Docking, Computer Simulation, Generalized Simulated Annealing and drugs development against Chagas disease, Malaria and HIV.

Atualmente é Docente de Química Farmacêutica da Faculdade de Farmácia na Universidade Federal da Bahia (UFBA) e Docente Permanente do Programa de Pós-graduação em Farmácia da UFBA e Jovem Cientista da Fundação de Amparo a Pesquisa e do Estado da Bahia (FAPESB). Tem experiência na área de Farmácia, com ênfase em Química Medicinal, atuando principalmente nos seguintes temas: QSAR, Docking, Simulação Computacional e Generalized Simulated Annealing. Atua no desenvolvimento de fármacos contra: doença de Chagas, leishmanioses, doença do sono, esquistossomose e micoses. Graduado em Farmácia pela Universidade Federal de Alfenas (2002), Mestre em Ciências pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2006), foi bolsista Desenvolvimento Tecnológico Industrial da Universidade Federal do Rio de Janeiro (2006/2007) e Doutor em Ciências Biológicas (Biofísica) e Pós-doutor pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho na Universidade Federal do Rio de Janeiro (2011). Título da Dissertação de Mestrado, Instituição e ano de defesa: Mestrado em Química (Conceito CAPES 7). Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil. Título: Modelos de QSAR-4D-DR de inibidores Peptídicos da Tripanotiona Redutase,Ano de Obtenção: 2006. Orientador: Magaly Girão Albuquerque. Título da Tese de Doutorado, Instituição e ano de defesa: Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) (Conceito CAPES 7). Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil. Título: Estudo de Complexos da Tripanotiona Redutase de Trypanosoma cruzi com Peptídeomiméticos por Dinâmica Molecular, Ano de obtenção: 2011. Orientador: Pedro Geraldo Pascutti.

PhD Thesis title: Estudo de Complexos da Tripanotiona Redutase de Trypanosoma cruzi com Peptídeomiméticos por Dinâmica Molecular (2011)

Current Adress: Faculdade de Farmácia - Universidade Federal da Bahia

Current Adress: School of Pharmacy - Federal University of Bahia (UFBA) - Brazil

List of main publications:

1.

Samuel's Curriculum Lattes

Link do currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/8313800478632324