Software
HbMap2grace
Este software pega arquivos xpm produzidos por gmx hbond e os converte em um arquivo xvg plotável.
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Porcupine
Mostra os vetores obtidos da análise de componentes principais da dinâmica molecular, ou dos modos normais, usando o programa VMD.
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SurfinMD
SurfinMD pode ser utilizado para calcular a superfície de contato entre um fármaco e uma proteína, separando os resultados por diferentes propriedades e por resíduos de aminoácidos.
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