Equipe
Sentados sobre os ombros de gigantes
Professores
Professor PhD. Pedro Geraldo Pascutti
Possui graduação em Física pela Universidade Estadual de Londrina (1986), mestrado (1990) e doutorado (1996) em Física pela Universidade de São Paulo, pós-doutorado em Biofísica Molecular na Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ (1998) e no Instituto Beckman na Universidade de Illinois, Estados Unidos (2018). É professor Associado IV no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da UFRJ. Tem experiência em Biofísica Molecular teórica e experimental e desenvolve pesquisas em modelagem computacional e dinâmica molecular em complexos proteicos, biomembranas e planejamento de fármacos. Chefia o Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular do IBCCF, UFRJ, foi Cientista do Nosso Estado FAPERJ (2009-2011), coordenou a Área Interdisciplinar da CAPES(adjunto: 2007-2010, titular: 2010-2014) e foi membro titular do Conselho Técnico e Científico do Ensino Superior do Brasil (2010-2013).
Professor PhD. Pedro Henrique Monteiro Torres
Possui graduação em Ciências Biológicas: Microbiologia e Imunologia (2005-2008), Mestrado em Biofísica (2009) e Doutorado em Biofísica (2014) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro. Tem experiência na área de Microbiologia, Bioquímica e Biofísica, atuando principalmente nas área de biologia estrutural computacional, desenho de fármacos assistido por computador e bioinformática. Foi professor substituto na Universidade do Estado do Rio de Janeiro e professor convidado na Universidade Federal do Rio de Janeiro e na Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz). Também na Fiocruz, trabalhou como pesquisador do Programa de Computação Científica (2016-2018). Atuou como pesquisador associado no Departamento de Bioquímica da Universidade de Cambridge (2018-2020). Atualmente é professor do Instituto de Bíofísica Carlos Chagas Filho - Universidade Federal do Rio de Janeiro
Pós-Docs
PhD. Ingrid Bernardes Santana Martins
Graduada em Física Biológica (2010-2013) no Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas da Universidade Estadual Paulista (Ibilce/Unesp). Mestrado (2014-2016) e Doutorado (2016-2021) em Biofísica Molecular na mesma instituição. Possui experiência em simulações de Dinâmica Molecular e Dinâmica Molecular a pH Constante de bicamadas lipídicas, proteínas e pequenos ligantes. Atualmente, é membro do LMDM e pós-doutoranda na Universidade Federal do Rio de Janeiro sob a supervisão do Prof. Dr. Pedro Geraldo Pascutti.
PhD. Reinaldo Souza De Oliveira Júnior
Tem experiência na área de Biofísica Molecular, com ênfase em Biologia Computacional, atuando principalmente nos temas de Dinâmica Molecular (DM) em Altas Pressões Hidrostáticas e Cálculos de Energia Livre. É especializado em técnicas moleculares de Biologia Molecular (PCR, Tecnologia do DNA Recombinante). Seu principal foco está na aplicação e no desenvolvimento de metodologias para o estudo do desenovelamento protéico (protein unfolding) via simulação (por DM) de sistemas em alta pressão, em solvente explícito, utilizando os campos de forças do pacote GROMACS. A aplicação de técnicas de amostragem melhorada (Metadynamics, Bennett’s Acepptance Ratio - BAR, Umbrella Sampling e etc…) para o calculo de energia de livre de proteínas amilóides. Também tem interesse no efeito bioprotetor de determinados carboidratos, em particular do dissacarídeo trealose, como também na ação de outros osmólitos no enovelamento e desenovelamento protéico.
Doutorado
MSc. Artur Duque Rossi
Possui graduação em Engenharia de Computação (2010-2014) pela Universidade Católica de Petrópolis e em Tecnologia da Informação e Comunicação (2010-2013) pela FAETERJ - Petrópolis. Possui mestrado em Modelagem Computacional (2015-2017) pela Universidade Federal de Juiz de Fora. Fez doutorado sanduíche na Universidade de Cambridge, atuando no desenvolvimento de pipelines para análises do impacto de mutações na drogabilidade de alvos da bactéria Pseudomonas aeruginosa. Possui experiência em Bioinformática e Biologia computactional com ênfase na área de predição de estruturas proteicas por comparação e em inteligência artificial, tendo atuado na construção de parte do workflow científico MHOLline 2.0 (www.mholline2.lncc.br). Atualmente é Doutorando em Biofísica pela Universidade Federal do Rio de Janeiro, possuindo como tema de pesquisa a criação de uma inteligência artificial para gerar um consenso dos resultados dos programas de docagem molecular.
MSc. Camila Rodrigues Chaves
Possui graduação em Ciências Biológicas: Biofísica, com ênfase em biofísica molecular e bioinformática (2018-2021), pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), com experiência em pesquisa nas áreas de bioinformática, biologia computacional estrutural, bioenergética e metabolismo. Atualmente é aluna de mestrado do Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas: Biofísica da UFRJ, utilizando a modelagem de redes metabólicas como ferramenta para identificação de novos alvos de intervenção farmacológica contra doenças infecciosas. Possui interesse em modelagem matemática e computacional de sistemas biológicos, planejamento de fármacos assistido por computador e ciência aberta.
MSc. José De Anchieta De Oliveira Filho
Possui graduação em Biotecnologia (2019) e mestrado (2022) em Biotecnologia pela Universidade Federal da Paraíba (UFPB). Atualmente é discente no programa de doutorado em Biofísica do Instituto de biofísica Carlos Chagas Filho da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Trabalha com desenho de fármacos assistido por computador na buscar por compostos para estimular a regeneração cárdica.
MSc. Nathalia Dos Santos Faria
Possui graduação em Ciências Biológicas- Biotecnologia pela Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ. Foi Iniciação Científica no laboratório NUMPEX-BIO pertencente à UFRJ. Possui mestrado acadêmico em Biotecnologia pelo Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia - INMETRO. Foi bolsista de Treinamento e Capacitação (TCT) no Laboratório de Doenças Neurodegenerativas (LDN) na UFRJ. Atualmente é aluna de doutorado no programa de Ciências Biológicas (Biofísica) do IBCCF-UFRJ. Trabalha com análise de interações proteína-proteína através de métodos de modelagem e Dinâmica molecular (DM).
MSc. Thamires Rocco Machado
Possui graduação em Farmácia pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2019), com habilitação em Homeopatia e Análises Clínicas, e mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2021) . Atualmente é aluna de doutorado do laboratório de modelagem e dinâmica molecular (LMDM) do instituto de Biofísica da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Possui experiência em modelagem e dinâmica molecular com ênfase no planejamento de fármacos.
MSc. Vinnícius Machado Schelk Gomes
Sou graduado em Ciências Biológicas com ênfase em Biotecnologia pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). Durante a graduação, integrrei o Centro Acadêmico de Ciências Biológicas do Instituto de Biodiversidade e Sustentabilidade e fui bolsista da FAPERJ, com experiência em Fisiologia de Estresse Vegetal e Criopreservação de Estruturas Reprodutivas em espécies crípticas. Atualmente, sou Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas na Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), onde investigo a seletividade do Sistema de Efluxo RND associado à resistência microbiana em Pseudomonas aeruginosa, utilizando técnicas de Bioinformática. Também possuo Mestrado no Programa de Pós-Graduação Multicêntrico em Ciências Fisiológicas pela UFRJ, com foco similar. Atuei em diversas representações estudantis e tenho uma série de publicações científicas, incluindo artigos em periódicos e capítulos de livros. Entre suas produções destacam-se pesquisas sobre antibióticos, dinâmica molecular, e resistência microbiana, além de contribuições em eventos acadêmicos e congressos. Recebi prêmios de reconhecimento acadêmico, como a Mestrado Nota 10 da FAPERJ.
Mestrado
BSc. Henry Ferreira Monteiro Magalhães
Possui graduação em Ciências Biológicas com habilitação em biotecnologia pelo Instituto Federal de Educação, CIência e Tecnologia do Rio de Janeiro (IFRJ) (2013-2023). Possui experiência em fisiologia cardiovascular com foco em eletrofisiologia. Atualmente foca-se em estudos da biologia computacional com ênfase em genômica, proteômica e modelagem de proteínas de genes e estruturas virais. Atualmente cursa mestrado em Ciências Biológicas : Biofísica na Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) acerca de estudos de vacinas históricas para varíola.
Iniciação científica
Aloisio Almeida De Souza
Aluno do curso de Ciências Biológicas: Biofísica, na Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). Atualmente trabalha no Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular (LMDM), situado no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF). Áreas de pesquisa: Avaliação de Estrutura Eletrônica de Proteínas, por métodos de Teoria de Densidade Funcional (DFT), com ênfase na interação proteína-ligante; Estudo sobre a distribuição de orbitais de fronteira em enzimas, por métodos semiempíricos; Cálculos de espectros teóricos de pigmentos naturais, por métodos de Teoria do Funcional da Densidade Dependente do Tempo (TDDFT).
Beatriz Moura Da Silva
Aluna de graduação em Ciências Biológicas: Biofísica com ênfase em Biologia Molecular e Bioinformática, no Instituto Carlos Chagas Filho (IBCCF) - UFRJ. Desde de 2021, faz parte do Laboratório de Dinâmica e Modelagem Molecular (LMDM), onde realizou um estagio sobre Machine Learning, com orientação do Dr.Pedro H Monteiro Torres e coorientação do MSc.Artur D. Rossi. Atualmente, esta realizando uma Iniciação Cientifica (IC) no LMDM em parceria com o Laboratorio de Radiações em Biologia (LaRBio) , sobre “Analise de regiões regulatórias de genes relacionados ao estresse, em bactérias Deinococcus Radiodurans”, sob a orientação do Dr.Pedro H Monteiro Torres e da Dra. Claudia Lage.
Guilherme Ian Spelta
Aluno de graduação do curso de Farmácia na Universidade Federal do Rio de Janeiro (2019-presente). Atualmente compõe o quadro do Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular (LMDM) no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho (IBCCF) como aluno de iniciação científica, com foco no estudo de desenho de fármacos assistido por técnicas computacionais. Participa do projeto “Desenvolvimento de inibidores alostéricos de tripanotiona redutase de T. cruzi auxiliado por métodos computacionais. Tem interesse especial no estudo da dinâmica de proteínas de agentes infecciosos.
Luíza Furuno Machado
Graduanda em Ciências Biológicas com ênfase em Genética pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) e estudante de Engenharia de Software na 42 | Rio. Participou da organização da XXVII BioSemana UFRJ pelo centro acadêmico de Biologia-UFRJ (Cabio). Atualmente, desenvolve uma ferramenta de identificação de cavidades proteicas com aplicações farmacológicas no Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular (LMDM) como parte de seu projeto de Iniciação Científica. Interessada em bioinformática, busca aprender e criar ferramentas computacionais para resolver problemas biológicos.
Maria Clara Esteves Monachesi
Aluna de graduação em Ciências Biológicas: Biofísica - ênfase em Biologia Molecular e Bioinformática na UFRJ. Atualmente é aluna de Iniciação Científica no LMDM, em um projeto de descoberta de fármacos de um receptor de T. cruzi, em parceria com o Laboratório de Bioquímica de Microrganismos (LBqM) do Instituto de Microbiologia Paulo de Goés da UFRJ.
Marianna Zuin Maia Dos Santos
Graduanda em Ciências Biológicas com ênfase em Biofísica pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). Possui conhecimento prático em laboratórios das áreas de Microbiologia e Bioinformática. Atualmente realiza Iniciação Científica no Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular, no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho - UFRJ, sob orientação do professor doutor Pedro Pascutti.
Gabriel Maia Sena
Desenvolvedor Web e estudante de Matemática Aplicada com forte interesse em Estatística e Computação Científica. Experiência em desenvolvimento de software e redação técnica para o setor privado. Participei de diversos eventos científicos enquanto estudante de Biofísica, tendo meu principal interesse a área de Biologia Computacional. Atualmente, aprimoro minhas competências no meu projeto de Iniciação Científica - PIBIC/CNPq - aplicando métodos estatísticos computacionais em farmacologia. Trabalho ativamente com desenvolvimento web como freelancer.
Colaboradores
PhD. Antoniel Augusto Severo Gomes
Graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual da Paraíba (2011), mestrado em Biologia Celular e Molecular pela Universidade Federal da Paraíba (2014) e doutorado em Biologia Geral e Aplicada (Biomoléculas: Estrutura e Função) pela Universidade Estadual Paulista-João de Mesquita Filho (2019), com período sanduíche na École Normale Supérieure de Cachan (ENS), França. Possui Pós-Doutorado CAPES/COFECUB com bolsa de seis meses suplementares financiada pelo CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) pela Université de Montpellier, França (2019-2021); e Pós-Doutorado Júnior (CNPq) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2021-2022). Atualmente, é pesquisador de Pós-Doutorado pela Universidad Autónoma de Barcelona (UAB), onde busca compreender a nível molecular o funcionamento com Receptores Acoplados às Proteínas-G (GPCRs) utilizando ferramentas de Bioinformática Estrutural. Possui experiência em Modelagem Molecular, Atracamento Molecular, Dinâmica Molecular, Análise de Modos Normais, Modelos atômicos em Coarse-Grained, Dinâmica Molecular excitada por Modos Normais (MDeNM), Metadinâmica, e Replica-exchange.
Professor PhD. Paulo Mascarello Bisch
Possui Bacharelado em Fisica pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1971), Mestrado em Física pelo Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (1974) e Doutorado em Ciências (Física) pela Universite Libre de Bruxelles, Bélgica (1980). Atualmente é Professor Titular do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Tem experiência nas áreas de Física, Físico-Química e Biofísica, com ênfase em Biofísica Molecular, Celular e de Sistema, atuando principalmente nos seguintes temas: sistemas biológicos, biologia estrutural, microscopia de força atômica, modelagem molecular, bioinformática, genômica e proteômica.
Professor PhD. Manuela Leal Da Silva
Possui graduação em Química Industrial pela UFSM (2004), Mestrado em Química Medicinal pelo Instituto Militar de Engenharia (2007) e Doutorado em Ciências pelo Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho da UFRJ (2011). Realizou estágio de pós-doutoramento na École Normale Supérièure de Cachan junto ao Laboratoire de Biologie et Pharmacologie Appliquée (LBPA) (França), no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho - UFRJ e no Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia. Atualmente é Professora Adjunta do Instituto de Biodiversidade e Sustentabilidade (NUPEM/UFRJ) da Universidade Federal do Rio de Janeiro - UFRJ, Docente dos Programas de Pós-Graduação Multicêntrico em Ciências Fisiológicas da UFRJ (PPGMCF), em Biotecnologia do Inmetro (PPGBiotec) e em Biologia Computacional e Sistemas do Instituto Oswaldo Cruz (PGBCS/IOC/Fiocruz). É coordenadora dos projetos de extensão ‘A importância das macromoléculas na saúde humana’ e ‘Projeto de Inclusão Digital do NUPEM’. É membro da Sociedade Brasileira de Biofísica (SBBf), Sociedade Brasileira de Fisiologia (SBFIS), Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq) e da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB³C). Tem experiência nas áreas de Biologia e Química Computacional, Biofísica molecular, Farmacologia, Genômica Estrutural, Bioinformática, Modelagem Molecular, Bioquímica, Química Medicinal e Biotecnologia Farmacêutica.
Egressos
Tácio Fernandes (Farmanguinhos/Fiocruz - Rio De Janeiro)
Possui graduação em Ciência Biológicas Modalidade Médica pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (2003-2007), Mestrado em Ciências Biológicas (Biofísica) (2007-2009) e Doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) (2009-2014), ambos pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ). Foi técnico do Instituto Nacional de Metrologia, Qualidade e Tecnologia (INMETRO) (2012-2014). Realizou estágio de pós-doutoramento junto ao Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho na UFRJ (2014-2018). Foi pesquisador bolsista do INMETRO (2018-2021), atuando na área de Bioinformática Estrutural com foco em Modelagem Molecular e Triagem Virtual na Busca por Compostos Bioativos e em pesquisas nas áreas de Química Medicinal e Biotecnologia. Atualmente, é tecnologista em pesquisa no Instituto de Tecnologia em Fármacos (Farmanguinhos) da Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ). Tem experiência na área de Bioquímica e Biofísica, trabalhando principalmente nos seguintes temas: Bioquímica de macromoléculas, Reconhecimento Molecular, Modelagem Molecular, Predição de Estrutura de Proteínas, Enovelamento de Proteínas, Ancoramento Molecular, Triagem Virtual e Triagem Virtual inversa, Predição de Genotoxicidade, Machine Learning, Generalized Simulated Annealing, Estatística de Tsallis e Dinâmica Molecular.
BSc. Lilian Mendonça Alves De Oliveira
Bacharel em Ciências Biológicas - Biofísica com ênfase em Biotecnologia na Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) no campus de Duque de Caxias. Atualmente é aluna de Iniciação Científica no LMDM, com o projeto focado em Modelagem Computacional do Vírus Zika (ZikV).