LMDM

Software

Ferramentas que nasceram de necessidades concretas do laboratório e foram publicadas como código aberto. Todas estão no GitHub da organização, com instruções de instalação e uso no repositório de cada uma.

HbMap2grace

Este software pega arquivos xpm produzidos por gmx hbond e os converte em um arquivo xvg plotável.

  • GROMACS
  • ligações de hidrogênio
  • análise de trajetória
GitHub

Porcupine

Mostra os vetores obtidos da análise de componentes principais da dinâmica molecular, ou dos modos normais, usando o programa VMD.

  • PCA
  • modos normais
  • VMD
  • visualização
GitHub

SurfinMD

SurfinMD pode ser utilizado para calcular a superfície de contato entre um fármaco e uma proteína, separando os resultados por diferentes propriedades e por resíduos de aminoácidos.

  • superfície de contato
  • proteína–ligante
  • análise por resíduo
GitHub

Contribuir com as ferramentas

Encontrou um problema ou quer contribuir? Abra uma issue no repositório correspondente ou fale com o laboratório.

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