Projetos

Desenvolvimento de software científico

Ferramentas de uso próprio e público para preparar sistemas, rodar protocolos e analisar trajetórias, mantidas abertas.

2 projetos

OCDocker - open consensus docker

OCDocker - open consensus docker

Artur Duque RossiPhD.

Este projeto propõe o desenvolvimento, a implementação e a validação de um sistema de docagem molecular que utiliza pontuação por consenso para auxiliar na identificação de compostos com potencial terapêutico. Para isso, um modelo de aprendizado de máquina foi treinado utilizando descritores moleculares de ligantes e receptores provenientes de bancos de dados especializados, juntamente com as pontuações de docagem obtidas por meio de diferentes programas de *docking* molecular. A abordagem de consenso demonstrou uma capacidade competitiva (e frequentemente superior) de distinguir compostos ativos de inativos, de acordo com as classificações dos bancos de dados DUDEz e PDBbind.

Equipe: Artur Duque Rossi, Guilherme Ian Spelta, Maria Clara Monachesi

TARDIS: A genome-scale metabolic network tool to identify new targets for computer-aided antimicrobial design

TARDIS: A genome-scale metabolic network tool to identify new targets for computer-aided antimicrobial design

Camila Rodrigues ChavesMSc.

Infecções bacterianas são um problema de saúde pública com impacto global. Ao longo da história, muitas alternativas para combater microorganismos foram adotadas, e ainda assim observamos surtos de doenças infecciosas emergentes assumindo proporções devastadoras. Com o avanço da bioinformática, metodologias de planejamento de fármacos assistido por computador surgiram para reduzir o tempo e o custo necessários para o desenvolvimento de novos medicamentos, essenciais para enfrentar uma nova epidemia. No entanto, esse campo sofre com a escassez de novos alvos de intervenção farmacológica, tornando necessário o desenvolvimento de novas metodologias para atender a essa demanda. A modelagem de redes metabólicas é uma nova área que está sendo rapidamente desenvolvida e usada para a identificação de possíveis alvos farmacológicos, principalmente contra microorganismos. Portanto, este projeto visa o desenvolvimento do programa TARDIS: TARgets DIScoverer, a fim de identificar potenciais alvos moleculares em bactérias de maneira automatizada e em larga escala.

Equipe: Camila Rodrigues Chaves, Artur Duque Rossi, Guilherme Ian Spelta, Pedro Torres

Outras áreas